Đối với học viên hệ quân sự, trong suốt quá trình học tập tại Học viện Kỹ thuật Quân sự, học viên được Nhà nước và Quân đội bảo đảm toàn bộ kinh phí đào tạo, bao gồm học phí, ăn ở, trang phục và sinh hoạt theo chế độ quy định.
Đối với sinh viên hệ dân sự, học phí được thực hiện theo quy định của Nhà nước và Bộ Giáo dục và Đào tạo, phù hợp với loại hình và chất lượng đào tạo của Học viện (học phí năm 2025 là 1.850.000đ/tháng).
